首先是關於質譜資料庫(Mass Library)，在GC/MSD的世界裡，質譜資料庫已經變成一個必要的存在，可以說GC/MSD 和 Mass Library 互為所需，不只是在搜尋方法確立之後，可以說這個以EI(Electron Ionization) 圖譜存在的資料庫，是整個GC/MSD技術的核心。
首先質譜資料庫可以協助物質鑑定，雖然比對質譜也有其極限，但是因為MSD前面有GC的分離，可以說這種混用的技術(Hyphenated Technique)，有獨特的優勢，若是以辨別物質來看，幾乎沒有相匹敵的技術，但是還不止於此。
其次是質譜資料庫涵蓋多數可以通過GC管柱的物種之後，使GC/MSD幾乎成為分析實驗室必備的工具，他分辨物質的限制只剩下濃度，一般檢測在SCAN的狀態下，以一微升不分流的注射量，可以觀測到ppm濃度的物種，並順利的透過資料庫比對，辨認這個物質。
質譜資料庫也可以反向搜尋，尋找某個化合物是否已經存在在質譜資料庫中，這會解決相當多的分析問題，但是一般的使用者不易體會這個使用方法，通常發生的原因是由於知道GC/MSD的優越特性，使用者常常會被其他化學工作者，詢問某物質是否可以使用GC/MSD來分析，但使用者可以對應的只有物質的沸點，並且擔心該用什麼管柱來做實驗，還有需不需要衍生。
質譜資料庫，到現今可以說收集到了絕大多數可以在GC/MSD上機的物種，所以，能夠在質譜資料庫存在，通常意味著這個物質，是透過注射GC/MSD來得到的，姑且不詳細討論所用的管柱與升溫條件，光是這個訊息，就可以有勇氣去實作，先請他配個樣品來，例如1000ppm，假如在資料庫中找到的這個化合物一直是它衍生之後的狀態，並且這個物質的分子量很大，或是沸點偏高，就有需要衍生的可能，沸點在GC可分析的範圍內，只是表示在實驗過程中，該物質經常與需要衍生的物種同時出現，並不是自己需要被衍生。
這個是GC/MSD使用者最先要有的看法，而單單一個看法上的不同，就改變了使用GC/MSD的最大的困境。
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