2022年5月31日 星期二

關於學習的一些訣竅(三)

首先是關於質譜資料庫(Mass Library),在GC/MSD的世界裡,質譜資料庫已經變成一個必要的存在,可以說GC/MSD 和 Mass Library 互為所需,不只是在搜尋方法確立之後,可以說這個以EI(Electron Ionization) 圖譜存在的資料庫,是整個GC/MSD技術的核心。

首先質譜資料庫可以協助物質鑑定,雖然比對質譜也有其極限,但是因為MSD前面有GC的分離,可以說這種混用的技術(Hyphenated Technique),有獨特的優勢,若是以辨別物質來看,幾乎沒有相匹敵的技術,但是還不止於此。

其次是質譜資料庫涵蓋多數可以通過GC管柱的物種之後,使GC/MSD幾乎成為分析實驗室必備的工具,他分辨物質的限制只剩下濃度,一般檢測在SCAN的狀態下,以一微升不分流的注射量,可以觀測到ppm濃度的物種,並順利的透過資料庫比對,辨認這個物質。

質譜資料庫也可以反向搜尋,尋找某個化合物是否已經存在在質譜資料庫中,這會解決相當多的分析問題,但是一般的使用者不易體會這個使用方法,通常發生的原因是由於知道GC/MSD的優越特性,使用者常常會被其他化學工作者,詢問某物質是否可以使用GC/MSD來分析,但使用者可以對應的只有物質的沸點,並且擔心該用什麼管柱來做實驗,還有需不需要衍生。

質譜資料庫,到現今可以說收集到了絕大多數可以在GC/MSD上機的物種,所以,能夠在質譜資料庫存在,通常意味著這個物質,是透過注射GC/MSD來得到的,姑且不詳細討論所用的管柱與升溫條件,光是這個訊息,就可以有勇氣去實作,先請他配個樣品來,例如1000ppm,假如在資料庫中找到的這個化合物一直是它衍生之後的狀態,並且這個物質的分子量很大,或是沸點偏高,就有需要衍生的可能,沸點在GC可分析的範圍內,只是表示在實驗過程中,該物質經常與需要衍生的物種同時出現,並不是自己需要被衍生。

這個是GC/MSD使用者最先要有的看法,而單單一個看法上的不同,就改變了使用GC/MSD的最大的困境。

2022年5月30日 星期一

關於學習的一些訣竅(二)

難怪美國可以成為一個偉大的國家,至少我們可以見到美國化學會,針對八十歲以上的化學家,做傳承的報導,姑且不管當事者說了什麼無聊的話題,與君一席談勝讀十年書可以成立,我的專業領域中,最值得一提的訪談,應該是Fred, W. McLafferty  (May 11, 1923 − December 26, 2021)先生,他是促成質譜搜尋電腦化的功臣,也是有機質譜和GC/MSD的元老。

這篇訪談是在2007年元月22,23日在康乃爾大學完成的,訪談的人是Michael A. Grayson 他是Measuring Mass : From Positive rays to proteins 的作者(主編),對於質譜的技術和歷史瞭若指掌,所以是訪談像McLafferty 這樣的科學家,不二的人選。

訪談的原件是個錄音,之後再轉成文字稿,一些不確定的說法,也經過事後的確認和校正,這樣的文件最終被放在Hiritage Foundation (傳承基金會) 的底下,等待有緣人來翻閱,至於會有啥麼為大的體會,就隨緣了。

有什麼比聽一個老科學家哰叨更無聊的事呢?但是我倒寧可相信,他的話語是真切,具有參考價值的,試想你可以和張良,韓信,蘇東坡對談,那會比什麼都更有意思。

McLafferty 2021年的聖誕節過後在美麗的紐約州的伊瑟卡過世,享壽98歲。


下載文件或聲音檔可以從以下連結

https://digital.sciencehistory.org/works/fb4949477#tab=ohDownloads

他的主網站是

https://www.sciencehistory.org/oral-history-collections


關於學習的一些訣竅(一)

我教GC/MSD假如從2005年算起,至今算來有十七年,若是以1998年我參與授課起算,約莫有二十四年,從我自己使用GC/MSD算起,則已經有三十年,我自己也在想,到底哪些重要的體會,是使用GC/MSD最重要的理解?而以一個三十年以上的使用者,提供未來的學習者提供來節省時間的呢?尤其是重要到像是一通百通的部分,究竟有哪些?

我記得自己在日本的新宿南口,紀伊國屋書店的一段奇妙旅程,因此得到的體會說起,我自學音樂也經過四十年,所以在書店裡尋找答案,心裡老是想著,一定有一本書或一些書,足以破解那些艱深的樂理,像是Bossa Nova 的和聲學,當然我也買過相當數量的書籍,但是為什麼都沒有更大的突破呢?

於是我乾脆在書店裡,去找我自己最熟悉的GC/MSD相關的書籍,看看這些書籍當中,是否有我相同的理解,因為假如我所到達的程度,已經有人書面提供出來,那麼同樣道理,我應當可以在其他各個領域,獲得書籍的幫助,把該門學問搞懂,但是假如沒有,那代表多數的技術,在教科書中尋找,只是枉然。

答案似乎很明顯的偏向後者,沒有太多的書籍能夠通過我這樣的挑戰,也就是說,各行各業的專精知識,幾乎僅存在於從事該行業的人手中,他們靠著解決一個又一個實際發生的問題,為自己找到答案,所以,茫茫書海中,寫的內容都跟作者的經歷有關,寫書的人不一定真的從事該項專門的項目,自然都只能寫出皮毛而已。

所以新冠疫情或許帶來另一個文藝復興,他首先讓各種專家察覺生命的短暫與無常,然後讓人們有一些些危機感,把藏在心中的秘密,釋放出來給普羅大眾,對於已經懂了的人,說不定一句簡單的話,對於入門者,就可以產生巨大的變化省卻了大量的時間。

歷史上,十七世紀文藝復興,也是出現在一場黑死病之後。


2022年5月25日 星期三

儀器檢測極限(IDL)和方法檢測極限(MDL)

這兩個明確定義過的儀器量測值,經常還是有所誤解, 蠻值得探討一番。

 

所謂的儀器檢測極限,通常是指在儀器既定的樣品投入量之下,理論上可以看出的最低濃度值,它並不需要一直稀釋直到看不到為止來獲得,我們一般可以注射一個已知的低濃度樣品,換算得出來。

 

由IDL 我們可以得知我們目前的量測濃度,是否具有量測準確的特性,這裡一般指的,是IDL 遠低於我們的檢量線最低點,IDL 本身並不是我們可以工作的範圍,因此它也不必具有再現性,它唯一的重點,是距離減量範圍越低越好,越遠越好。

 

方法檢測極限,是把方法的濃縮倍數,或是前處理合併計算,計算出來的一個值,一般它會因為濃縮的關係,數據明顯比IDL更低,但同樣的,他因為計算來源包括IDL,所以他仍然是一個不在我們工作的範圍內的數據值,它也不必具有再現性,他對我們的測量範圍,做出保證的唯一指標,是他遠低於我們的檢量線。

 

常見的IDL ,MDL 不易區別的,可以見到的是環檢方法做水中VOC的方法中,設備是Purge & Trap 連接 GC/MSD 這個方法標示的IDL 因為上述設備處於直接連用,所以經常可以到ppb 範圍,但是GC/MSD 一般的SCAN測量,大家都知道是只到ppm 附近,明顯的,因為有吹氣捕集設備的濃縮,才能夠測到ppb 範圍,所以合理的說法,ppb 範圍的應該是方法檢測極限MDL 才對,多數人因為引入時,濃縮一併做了,容易把它當作是IDL。

分析化學的濃度單位選擇

實驗室中在使用儀器分析時,通常喜歡使用ppm單位,一般大家都知道他的原文是parts per million,不過讓大家困擾的是,這個單位有兩種可能,一個是重量對重量, w/w,另一個是w/v,這是重量對體積。

 

法規一般會要求最後要呈現的是mg/Kg,也就是每公斤樣品中該化合物的毫克數,這個其實就是ppm(w/w),很明顯,這是一個重量對重量的濃度單位,實驗工作者,也無從判斷他在進行實驗的過程中,使用哪一個單位比較不易引進誤差。

 

我們都知道,色層分析,包括氣相層析以及液相層析,他的樣品引入量是以微升計量,氣相層析的注射量是一微升液體,而液相層析則可能到10 到 20 微升不等,加上實驗中,我們配製標準品通常是以體積稀釋法來進行,這明顯的偏向需要使用w/v 的單位 ,因為選用w/v 為濃度單位,比較不易引入誤差。


所以我在課程進行中,一定時間點,就會教導客戶盡量在過程中,以w/v的單位為主,直到得到結果為止,都以這個(w/v)的濃度單位為主軸,而結果需要的w/w 的單位,則是以溶劑密度對結果加以轉算獲得,當然你必須知道溶劑在實驗溫度下它的真實密度,才能夠精確的轉算成w/w單位,不過整體來說,這樣的誤差會比較小。

 

假如你使用的溶劑,是一個無表可查的狀態,那麼就要自行實際測量該溶劑的密度,這個情況包括2.5% 的硝酸水溶液,或是你所用的任何加酸的水溶液,以及有機溶劑。

 

水在室溫下的密度,有表可查,你會發現多數人將水的常溫下密度當成一,也就是把實驗結果數據的w/v單位直接改標成w/w的單位,但因為水室溫時的密度其實不是一,此時會有極小的誤差被引入,當然這要根據實驗所要的精確度來選擇是否需要精確到那個程度,來決定比重是否要實測或查表,但會因為你使用到有機溶劑,而加重實測比重的需求,因為有機溶劑密度一般比水低的關係。

 

在很多情況下,法規先是規定酸的濃度是(w/w)但配製時只要是使用到體積稀釋法,即使是在水溶液的狀態下,選擇單位會影響你的數據精確度,所以不可以不謹慎的選用單位,以及換算的時機。

2022年5月20日 星期五

音樂介紹 : 奧古斯丁、巴里奧斯 作品:告解 Comfession

吉他的全音域約有三個半八度,本曲的五、六弦分別改為Sol,和Re,符合本曲的調性G大調,並較容易彈奏。

曲子一開始旋律落在低音部,它的意象是大提琴,而扮演的角色,是一個正在告解的天主教教友,當然告解的文化是來自天主教的,作曲家,本身也是天主教徒,因此這個發想,動機可說極為自然。



巴里奧斯所創作的旋律是三拍子的,而利用低音模仿告解的人,一句一句,羞愧的說出自己的罪過,聲音的轉折也似乎帶著這種情緒,如泣如訴。



曲子合理的發展到了中段,旋律忽然由低音聲部,一下轉到了高音聲部,像是模仿小提琴,而旋律彷彿由上天傳來了天使和上帝的回應,而曲式充滿光明和安慰,正應和著告解人的愁苦。



曲子在兩個聲部,互相呼應,又互相唱和,在類近释放的感覺當中,逐漸進入尾聲。



很難想像巴里奧斯可以信手捻來,創作出這樣的完美曲子,而且僅是由一支六弦吉他,就可以充分表現,浪漫的精神非常耐人尋味,而對於聽者,也可以輕易的了解它的詣趣,實在是偉大的作品。




GC/MSD定量的檢量線的評估方式(下)

我曾經說過台灣的數學教育,明顯是失敗的,我所持的觀點,是多數科學相關的工作者,不善於使用數學工具之外,遇到數學問題就會先承認自己數學不好,直接舉白旗投降。

放棄思考,才是失敗的教育結果,試想,有一個科目,不教的話頂多只是讓人不認識它,不清楚其用途,還沒有好壞印象,但教過學過數學的人,卻完全放棄這個工具的使用,並且覺得太難不想再去了解,有這種教比不教還糟的結果,我覺得很清楚是失敗了。(扯太遠了?)

回到上一個主題,使用Average RF 來評估檢量線,因為不用解釋,只要觀察RSD < 20% 大家都會做,因此現在成為環境檢驗的法規採用的方法,但是他的意義,是“我們的數據點,在檢測器的動態範圍內”,而不是“檢量線的數學模式可用”。

正確的做法,是仍舊使用Linear 回歸,但是依照 X 範圍大小來改變權重,但是仍然以 R Square 是否大於 0.995 來評估檢量線,1 到 10 選擇 Equal weighting,1 到 100 選擇  1/X  權重或 Inverse of concentration ,1 到 1000 選擇  1/X^2 權重或 Inverse of square concentration,這三種依照範圍,設定權重,並且觀察 R Square 是否合格的做法,才是正確的評估方式,可惜因為解釋過分冗長,被棄置在一邊。

學了數學,覺得太難而放棄思考,是最大的失敗,介紹費曼的三本書可以看看,“別鬧了,費曼先生”,“你管別人怎麼想”,“這個不科學的年代”,都是天下出版的。

GC/MSD定量的檢量線的評估方式(上)

檢量線是由一群數據構成的,自變數X,因變數Y線性回歸一般得到一個符合的線性數學式,Y = aX + b以及一個決定因子  R Square 值,當R Square 值大於 0.995 時,判定這個數學式,X 可以計算出,相對應的正確值 Y ,關於為什麼R Square 比 R 值更有參考價值,以及多數軟體選擇顯示 R Square值,而不是 R 值,之前已經有另一篇專門探討。

一般X 的合理範圍是 one order 相當於 1 到 10 ,或者寬鬆一點包括 1 到 20 ,至於 1 到 100 那就是  two orders , 1 到 1000 是 three orders 。實驗的世界一般會想要測量範圍較大的 X ,至少環境檢驗中,環境污染的濃度不可預期,有高有低,寬的範圍有他的困擾,由於計算R Square 時,一般採取的權重是平衡的 Equal Weighting 這會使範圍很寬1 到 100 或 1 到 1000 這種檢量線,其 R Square會失效,也就是,不論低濃度的偏差,壞到任何程度,R Square 仍然大於 0.995,這表示我們無法對一條範圍過寬的檢量線,做出正確的評估,我的說法是 R Square 因為 X 範圍太寬而壞掉了。

舊時的做法,會因應樣品所在的濃度,把 1 到 1000 區分成三個合理的區間,1 到 10 數據做的檢量線,10 到 100 的檢量線,100 到 1000 的檢量線,各自在Equal Weighting 之下且各自的 R Square 要大於0.995 。  

當然這樣很麻煩,樣品多加上物種眾多,每一個都要根據未知物濃度來調整檢量線的範圍,顯然非常費工,所以希望有可以有合理的計算方式,允許做檢量線直接涵蓋 X大範圍,目前使用的是 Average Responce Factor 他對 X 的範圍沒有限制,規定只有多點的Responce Factor 值做統計,而算出來的相對標準偏差需要小於 20 %,如此一來,好像解決問題了,實驗室也有聖旨可以依循。

其實並沒有,這個RSD 值小於 20% 的具體意義,不是意味著回歸的數學式可以準確的預測 Y 值,並得到正確的結果,而是表示"數據點基本上都在檢測器的動態範圍內",目前環境檢驗承認並使用這樣的評估方式,我們應該可以知道原因,是這樣的評估方式可以允許大的 X 寬度,並且一體適用,不需解釋。

2022年5月19日 星期四

我的GC/MSD的資料是SIM/SCAN同步,我該注意些什麼?

 [Chemstation Data Analysis軟體]

 Chemstation 軟體原本是設計給單筆資料對應單一方法的,而且該資料的 Signal 內容限制為一個,所以,當你的資料是SIM/SCAN 同步,或是一筆質譜加上一筆FID,它就必須先做Select Signal,使這一筆資料回復單一 Signal 的狀態,才能避免建立檢量線時,發生不可預料的軟體錯誤。

File 底下的 Select Signal 在遇到單獨的 SCAN 或是 SIM 的資料被載入時會呈現反白不可使用,唯獨再載入 SIM/SCAN 同步資料時,他會反黑可用,因此,使用者對於這個過去不曾用過的功能很陌生,很多使用者根本不曉得有這個功能。

SIM/SCAN 同步資料載入時,特徵是視窗中有兩張圖上方是SCAN,下面的是SCAN,此時表示有兩筆資料進到軟體中,而Chemstation 軟體一次只能夠處理一筆資料,如前所述。

你必須先在 File 底下 Select Signal ,並設法只留下一筆資料,然後才可以開始處理資料,當螢幕上顯示兩張圖的時候,製作檢量線,軟體的動作就有出錯的可能。

[Masshunter Qualitative軟體]

當在Masshunter 定性軟體把 SIM/SCAN 同步資料載入時,多數使用者會嚇一跳,資料放大之後呈現鋸齒狀,我第一次打開,見到資料的長相,我索性直接關掉它,因為根本不知道怎麼處理。

7.0 版軟體,可以用來處理資料,重新畫圖的功能叫做Define Chromatogram,也就是重定義層析圖,而後期的版本,叫做 Additional Chromatogram,意思是新增加一張色層分析圖,我沒有特別偏好哪一個,但是我不太喜歡改名字這件事,只會增加使用者困擾。

重新定義也好,增加一張也好,只要你定義它是Select Ion Monitoring 或是 SCAN 然後執行,基本上你就可以畫出正確的圖,原來之前鋸齒狀,是因為以時間為順序載入資料,於是一張SCAN數據跟著一張SIM數據,兩者的感度因為相差太多,所以呈現鋸齒狀,導致這張圖沒辦法用來做數據處理,看起來沒有意義。 


我使用Masshunter還是Chemstation我該如何區分?

 這當然是指安捷倫GC/MSD的使用者,不論硬體或軟體它都是目前此種儀器的首選,我在GC/MSD 課程中,設法說給使用者了解,好幫助客戶與工程師之間的溝通,免得雞同鴨講。

 由於新的軟體被稱呼為Masshunter,新的軟體在儀器控制的介面也明白的標示它是一個叫做Masshunter的軟體,多數使用者會以為因為儀器控制上這麼寫,所以回答"我是使用Masshunter軟體",但是問這個問題的的工程師,想獲取的訊息不是這個。

 原先的Chemstation ,並沒有像早期的版本,自己提供了一個儀器控制的環境,這已經是G1701EA 03.03 的往事了,安裝時就裝了一個儀控(Instrument Control),也裝了資料分析(Data Analysis)。假如你的版本是G1701FA 01.03 ,那麼你的儀器控制,其實是安裝了Masshunter的儀控裝置,正式的名稱,是Data Acquisition(資料擷取軟體),它是有一塊安裝光碟的,所以看版本也可以了解一些訊息。

 所以,假如工程師詢問,你的使用軟體是哪一種,原則上他的意思,指的是你在資料處理時用的是哪一種軟體。

Masshunter 定性定量是分開的,但是Chemstation 感覺上定性和定量都在同一個軟體上完成。

 當工程師確定你所使用的資料處理軟體的種類,他才可以依照你的軟體的畫面和邏輯,順利的解決你所遇到的問題,目前也有很多人問,G1701FA 01.03 經過這麼久,為什麼還有這麼多人喜歡使用?不是應該都改用Masshunter嗎?

 這多半是因為Chemstation DA軟體他的體積很小,然後各種專有名詞定義非常清楚,學習上非常的直觀快速,加上它可以使用自己撰寫的巨集指令,可以自動化或是設計輸出報告,這些在Masshunter上,目前都還有相當程度的差距,千萬不要以為舊程式意味著落伍,在實際的使用上,反而是舊程式比較好用,因此目前毒檢、環檢都還有大半的使用者,享受著Chemstation 的便利性,以Masshunter GC/MSD 推出的2008年算起,已經過了十四年,要替代Chemstation 還要看客戶能不能順利使用Masshunter解決他的問題來決定,因為客戶多傾向使用自己順手的軟體。

 

2022年5月12日 星期四

真正言而及義應該給獎的視頻

網紅看似是個簡單的行業,盛行於今日,甚至

可以為業為生,甚至致富,年輕人趨之若鶩,

我曾經為文加以吹捧,但是卻說不出所以然,

他們辛苦的拍攝,辛苦的編輯,盡情的在網路

世界中展露才華,成為豐富群眾生活的新媒體。


這個新媒材瓜分了觀眾的注意力和時間,群眾

選擇了節目A,就落掉了節目B,所以逼迫大家

為了抓住觀眾的眼睛而無所不用其極,也無怪

乎傳統類似BBC,NHK,那種高成本,傳世之

作越來越少,而充斥著一時興起,墮落的不堪

作品,我在想,Youtube 應該可以用獎勵的方

式(目前是以收視訂閱為準),導引大家去製作

更好的節目。

 

我終於見到了一個傳世之作,而且,具有民族

性,傳世的作品,我自己已經給了他稱讚了,

內容可以說是精彩萬分,使我受益了。


 

 

測試吉他好不好的曲子

 Agustine Barrios 大聖堂第二樂章莊嚴的慢板,不得不說到這偉大的南美作曲家,在吉他上一次找到這麼多美妙和聲連發,剛好是測試一把吉他和聲和諧的試金石。 Se Ela Perguntar 曲子開始便使用第一弦的十二格以及第六弦的空弦音,高音弦律和低音是否和諧,可以被測...